14年前，初号机疑似神化第一外形的醒悟带来近三冲击，使世界发作史无前例的剧变GQC高速在线DVD在此之后，葛城美里（三石琴乃配音）等NERV旧部出走，成立了对立seele和NERV的Wille。Wille授命明日香（宫村优子配音）和真里（坂本真绫配音）夺回被封印在卫星轨道上的初号机和碇真嗣（绪方惠美配音），但相对制止真嗣登上初号机。感遭到周遭的敌意，懵懂的真嗣跟随绫波丽（林原惠美配音）登上突然入侵的九号机，前往了千疮百孔的NERV总部。在这里，他不测重逢朝思夜想的绫波，还从父亲那里得知自己将和美少年渚薰（石田彰配音）共同驾驶十三号机。长达14年的空白，时期的沧桑剧变和情感纠葛让真嗣手足无措。而看似温顺的渚薰为他揭开了种种难以置信的真相……
